De acordo com apurado pela imprensa, a seis meses do início da vigência da reforma tributária, ainda não foi definida a competência judicial para o julgamento de controvérsias relacionadas ao IBS e à CBS. Fontes do governo e do Judiciário ouvidas pelo jornal O Estado de S. Paulo avaliam que a implementação deverá começar, em 2027, sem uma solução para a questão, de modo que as discussões sobre o IBS permaneceriam na Justiça Estadual, enquanto aquelas relativas à CBS continuariam sob a competência da Justiça Federal.
Segundo a reportagem, essa separação pode resultar em decisões divergentes sobre matérias semelhantes, agravando a insegurança jurídica. O problema já se manifestou em ações envolvendo exportações indiretas: enquanto a Justiça do Distrito Federal afastou a incidência dos novos tributos, a Justiça Federal rejeitou pedido equivalente apresentado pela mesma entidade.
A indefinição, combinada com a alteração do modelo de tributação da origem para o destino, pode provocar um aumento expressivo do contencioso e conduzir o Judiciário a uma situação de “caos”. O jornal recorda que chegou a ser debatida, no âmbito do CNJ, a criação de um foro especializado virtual, composto por magistrados estaduais e federais, mas a proposta não avançou. Embora o governo considere essa a melhor alternativa, a medida enfrenta resistência das Justiças Federal e Estadual, que receiam perder receitas provenientes de custas e taxas judiciais.